Az intézeten belül működő tanszékek:
- Halgazdálkodási Tanszék
- Természetesvízi Halökológiai Tanszék
- Környezettoxikológiai Tanszék
- Molekuláris Ökológia Tanszék
- Környezetbiztonsági Tanszék
- Alkalmazott Halbiológiai Tanszék
Az intézethez tartozik a Halászati Kutató Központ.