Az intézethez tartozó tanszékek:
- Talajtani Tanszék, Gödöllő
- Külső Talajtani Tanszék, Budapest
- Környezetanalitikai és Környezettechnológiai Tanszék, Gödöllő
- Hulladékgazdálkodási Külső Tanszék, Gödöllő
- Vízgazdálkodási és Klímaadaptációs Tanszék, Gödöllő
- Öntözésfejlesztési és Meliorációs Tanszék, Szarvas
- Környezeti Fenntarthatóság Tanszék, Keszthely
- Agrárkörnyezettani Tanszék, Budapest
Az intézethez tartozó további szervezeti egységek:
- Agrár-környezettudományi Kutatóközpont, Budapest
- Öntözési és Vízgazdálkodási Kutatóközpont, Szarvas
- Intézeti Központi Minősített Laboratóriumok (több telephellyel)